Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi diễn ra một năm sau thất bại của Bagramon và đồng đội. Kể từ đó, Taiki Kudou và Yuu Amano đã thành lập một đội bóng rổ với bạn cùng lớp của Yuu, Tagiru Akashi. Một ngày nọ, Tagiru phát hiện ra một khu vực kỳ lạ gọi là DigiQuartz, một thế giới kỳ lạ và không ổn định tồn tại giữa thế giới con người và thế giới kỹ thuật số.