Nhiều năm sau Cuộc Chiến Chén Thánh lần thứ tư, Waver Velvet trở thành người đứng đầu bộ phận Lý thuyết Ma thuật Hiện đại tại Tháp Đồng hồ, kế vị danh hiệu Lord El-Melloi II. Waver và người học việc Gray lên đường tìm kiếm sự thật đằng sau một bóng đen bí ẩn rình rập họ, trong khi rắc rối nảy sinh giữa các pháp sư của Hiệp hội.