Bộ phim hoạt hình Conan bắt đầu bằng một sự việc xảy ra tại Tropical Land, một khu vui chơi giải trí nổi tiếng nằm trong khu tàu lượn siêu tốc. Kudo  điều tra một trong hai người đàn ông  khả nghi được cho là nghi phạm trong vụ án. Anh ta bị tấn công bởi  mật danh Jin và đồng đội  Vodka. Sau khi đánh bại Shinichi, Jin đã đưa cho anh  một loại thuốc mà sau này  gọi là APTX 4869 để giết anh. Trên thực tế, chất độc này có  tác dụng phụ bất thường: thay vì giết chết Shinichi, nó biến cậu từ  cơ thể người lớn thành một đứa trẻ. Sau một sự cố nghiêm trọng, Shinichi trở về quê hương và dưới áp lực của người bạn thời thơ ấu Ran, anh tự gọi mình là Conan Edogawa. Shinichi đang cố gắng che giấu danh tính thực sự của mình với những người thân yêu để điều tra Tổ chức Áo đen.